Die Darmflora des Darms ist ein eigenes Ökosystem mit Mikroorganismen. Etwa 500 verschiedene Bakterienarten besiedeln den Darm durch perfekte Anpassung an die dort herrschenden Lebensverhältnisse. So gibt es Bakterien (Anaerobier), die keinen Sauerstoff benötigen und Bakterien (Aerobier), die diesen für den Stoffwechsel brauchen. Unverdauliche Nahrungsreste wie Ballaststoffe werden durch die Bakterien der Darmflora aufgeschlossen. Hierbei entstehen kurze Fettsäuren, die von der Darmschleimhaut verwertet werden können und ihr Energie liefern.